本科自主招生和高职自主招生在招生对象、选拔方式和培养目标上存在明显区别。

招生对象不同。本科自主招生主要针对高中毕业生，侧重于选拔具有学科特长和创新潜力的优秀学生。高职自主招生则主要针对初中毕业生，以及部分具有相当于高中文化程度的社会人员，侧重于选拔具备职业技能和实际操作能力的考生。

选拔方式有别。本科自主招生通常采用面试、笔试、综合素质评价等多种方式进行选拔，强调学生的综合素质和学科特长。而高职自主招生更注重实际操作能力，选拔过程通常包括面试、技能测试、综合素质评价等环节。

培养目标各异。本科自主招生旨在培养具有创新精神和学术素养的高素质人才，为学生提供宽口径、厚基础的教育。高职自主招生则致力于培养具备职业技能、实际操作能力和创新精神的高素质技术技能人才。

本科自主招生和高职自主招生在招生对象、选拔方式和培养目标上各有侧重，为学生提供了多样化的发展途径。